PRACOWNIA BIOLOGII I GENETYKI MOLEKULARNEJ
Uniwersyteckiego Centrum Patomorfologii UCK WUM
Zakres działalności:
W ramach Uniwersyteckiego Centrum Patomorfologii w UCK WUM działa Pracownia Biologii i Genetyki Molekularnej, specjalizująca się w badaniach genetycznych w onkologii.
Wykonywane badania:
- Wykrywanie genu fuzyjnego BCR-ABL1 (transkrypt e13a2, e14a2 oraz e1a2)
Cel badania: Diagnostyka przewlekłej białaczki szpikowej oraz ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie mutacji w obrębie genu ABL1
Cel badania: Diagnostyka oporności przewlekłej białaczki szpikowej na leczenie inhibitorami kinaz tyrozynowych.
Zastosowana metodologia: reakcje PCR, sekwencjonowanie Sangera
- Wykrywanie mutacji w genie JAK2 (V617F)
Cel badania: Diagnostyka nowotworów mieloproliferacyjnych
Zastosowana metodologia: reakcja ARMS-PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie mutacji w genie CALR (typu I oraz typu II)
Cel badania: Diagnostyka nowotworów mieloproliferacyjnych
Zastosowana metodologia: reakcja ARMS-PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie mutacji w genie MPL (W515L/K)
Cel badania: Diagnostyka nowotworów mieloproliferacyjnych
Zastosowana metodologia: reakcja ARMS-PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie mutacji o typie wewnętrznej tandemowej duplikacji w genie FLT3 (FLT3-ITD)
Cel badania: Diagnostyka ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów w elektroforezie kapilarnej.
- Oznaczanie stosunku allelu zmutowanego FLT3-ITD do allelu niezmutowanego (allelic ratio FLT3-ITD:wt)
Cel badania: Diagnostyka ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów w elektroforezie kapilarnej.
- Wykrywanie genu fuzyjnego RUNX1-RUNX1T1
Cel badania: Diagnostyka ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie genu fuzyjnego CBFB-MYH11
Cel badania: Diagnostyka ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie genu fuzyjnego PML-RARA (transkrypt bcr1, bcr2, bcr3)
Cel badania: Diagnostyka ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie mutacji w genie MYD88 (L252P)
Cel badania: Diagnostyka makroglobulinemii Waldenströma
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Ilościowa reakcja wykrywania genów fuzyjnych: BCR-ABL1 (e13a2, e14a2, e1a2), CBFB-MYH11, PML-RARA (bcr1, bcr2), RUNX1-RUNX1T1
Cel badania: Ocena skuteczności zastosowanego leczenia
Zastosowana metodologia: reakcja RT-qPCR
- Proste badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów jelita grubego
Badane geny: KRAS
Zastosowana metodologia: reakcja qPCR
- Złożone badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów jelita grubego
Badane geny: KRAS, NRAS, BRAF
Zastosowana metodologia: reakcja qPCR
- Złożone badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów jelita grubego
Badane geny: KRAS, NRAS, BRAF
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów
- Zaawansowane badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów mózgu
- Badanie podstawowe
Badane geny: ATRX, EGFR, IDH1/2, pTERT, TP53, zmiana liczby kopii (kodelecja 1p/19q)
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów - Badanie rozszerzone
Badane geny: ATRX, AKT1, APC, BCOR, BRAF, BRCA2, CIC, CDKN2A/B, CTNNB1, EGFR, DICER1, FUBP1, GAB1, GNAQ/GNA11, H3F3A, HIST1H3B/C, IDH1/2, KLF4, MYC, NF1, NOTCH1, NRAS, PALB2, PTCH1, PTEN, PTEN, RB1, SMARCB1, SMARCA4, SMARCE1, SUFU, pTERT, TP53, TRAF7, zmiana liczby kopii (kodelecja 1p/19q)
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów
- Badanie podstawowe
- Zaawansowane badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów układu krwiotwórczego
Badane geny: ABL1, ASXL1, BCL2, BCL6, BCOR, BRAF, CALR, CBL, CEBPA, CSF3R, DNMT3A, EZH2, FLT3, HRAS, IDH1, IDH2, IKZF1, JAK2, KIT, KMT2 (MLL family), KRAS, MPL, MYD88, NF1, NOTCH1, NPM1, NRAS, PTPN11, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SRSF2, STAG2, TET2, TP53, U2AF1, WT1, ZRSR2
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów
- Zaawansowane badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów jajnika
Badane geny: ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, MLH1, MLH3, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD50, RAD51, STK11, TP53, ZRSR2
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów
Główne osiągnięcia:
W ramach Uniwersyteckiego Centrum Patomorfologii w UCK działa Pracownia Biologii i Genetyki Molekularnej, specjalizująca się w badaniach genetycznych w onkologii, którą kieruje prof. dr med. Tomasz Stokłosa, specjalista laboratoryjnej genetyki medycznej. Pracownia w pierwszej kolejności uruchomiła pod koniec 2019 roku diagnostykę genetyczną w raku jelita grubego chorych operowanych w naszych Klinikach Chirurgii i często później leczonych w naszej Klinice Onkologii. Nowoczesna diagnostyka genetyczna warunkuje wdrożenie terapii celowanej inhibitorami EGFR ale niezbędne jest zbadanie genów KRAS/NRAS/BRAF, które wcześniej było zlecane w zewnętrznych laboratoriach komercyjnych. Od początku 2020 roku Pracownia zaczęła wykonywać badania dla Kliniki Hematologii, Transplantologii i Chorób Wewnętrznych, w tym m.in. badania jednogenowe, badanie genów fuzyjnych, monitorowanie choroby resztkowej w nowotworach układu krwiotwórczego i wzbogaciła panel wykonywanych badań zarówno o badania jedno jak i wielogenowe.
W ostatnich latach upowszechniły się nowoczesne technologie badań genetycznych, a w szczególności sekwencjonowanie następnej generacji NGS (z ang. next-generation sequencing), umożliwiające analizę tysięcy genów jednocześnie. Pracownia zatrudnia ekspertów w zakresie zastosowania tej technologii genetyki onkologicznej i hematoonkologicznej, w tym kierownika, profesora Tomasza Stokłosę, którego zespół opracował autorskie panele do celowanego wzbogacania genowego w badaniach nowotworów hematologicznych i guzów litych oraz profesora Rafała Płoskiego, eksperta w dziedzinie genetyki konstytutywnej, którego zespół specjalizuje się w całoeksomowej (WES) i całogenomowej (WGS) diagnostyce chorób rzadkich.
Pracownia rozpoczęła wykorzystanie technologii NGS we współpracy z WUM, nie tylko u wspomnianych chorych na raka jelita grubego, ale także dla innych chorych onkologicznych, w tym u chorych z guzami mózgu operowanych w Klinice Neurochirurgii, wykonując m.in. badanie genów IDH1/2, pTERT oraz wykrywanie kodelecji 1p/19q co ma znaczenie prognostyczne i jest niezbędne do prawidłowej klasyfikacji histopatologicznej guzów mózgu jak również innych genów pomagających w diagnostyce i ocenie prognozy w guzach OUN. Wdrożono także badania wielogenowe u chorych z nowotworami układu krwiotwórczego, w szczególności w ostrych białaczkach oraz zespołach mielodysplastycznych i mieloproliferacyjnych. W 2020 roku Pracownia uzyskała dwa certyfikaty EMQN (European Molecular Genetics Quality Network) w zewnętrznej kontroli jakości w wykrywaniu mutacji somatycznych w genie EGFR w raku płuca oraz w BRCA1/2 w raku jajnika co może pomóc w uruchomieniu kolejnych badań dla chorych onkologicznych.
Pracownia wykonuje również szeroki panel badań jedno czy kilkugenowych tradycyjnymi metodami genetyki molekularnej opartymi o PCR, RT-PCR, RT-qPCR i sekwencjonowanie Sangera.
Skład Zespołu Pracowni
Kierownik Pracowni
prof. dr n med. Tomasz Stokłosa
lekarz, diagnosta laboratoryjny, specjalista laboratoryjnej genetyki medycznej
e-mail: tomasz.stoklosa[at]uckwum.pl
Diagności laboratoryjni:
dr Agnieszka Chudy w trakcie specjalizacji z laboratoryjnej genetyki medycznej)
mgr Albert Moskowicz specjalista hematologii laboratoryjnej
mgr Bartłomiej Sankowski
Biotechnolodzy:
mgr inż. Marcin Machnicki
mgr inż. Monika Pępek
Informatyk
dr Piotr Stawiński
Konsultant
prof. dr hab. med. Rafał Płoski
lekarz, diagnosta laboratoryjny, specjalista laboratoryjnej genetyki medycznej