Klinika jest spadkobierczynią I Katedry i Kliniki Chirurgicznej Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Warszawskiego powstałej w 1918 roku. Na przestrzeni ponad 100 lat zapisała się na stałe w historii polskiej chirurgii:
1966 r. – pierwsze w Polsce przeszczepienie nerki (prof. Jan Nielubowicz),
1988 r. – pierwsze w Polsce jednoczesne przeszczepienie trzustki i nerki (prof. Jacek Szmidt),
1990 r. – pierwsza w Polsce alotransplantacja komórkowa przytarczyc (prof. Tadeusz Tołłoczko),
1997 r. – pierwsza w Polsce operacja wewnątrznaczyniowa tętniaka aorty brzusznej wykonana przez zespół chirurgiczny (prof. Jacek Szmidt),
2003 r. – pierwsze w Polsce laparoskopowe pobranie nerki od żywego dawcy (prof. Sławomir Nazarewski)
2010 r. – pierwsza w Polsce operacja wewnątrznaczyniowa tętniaka aorty piersiowo-brzusznej (prof. Jacek Szmidt),
2016 r. – pierwsza w Polsce operacja wewnątrznaczyniowa tętniaka łuku aorty za pomocą stent-graftu z odgałęzieniami (doc. Tomasz Jakimowicz).

Obecnie Oddział Kliniczny ma największe w Polsce i jedno z większych w Europie i na świecie doświadczeń w wewnątrznaczyniowym leczeniu tętniaków piersiowo-brzusznych i okołonerkowych; od kilku lat operowanych jest tutaj ponad 100 takich przypadków rocznie, czyli około połowy tego typu operacji w Polsce. Jedyny Oddział Kliniczny w Polsce (wśród kilkunastu ośrodków na świecie) z doświadczeniem w implantacji stent-graftów z odgałęzieniami w leczeniu tętniaków łuku aorty.
Dzięki połączeniu chirurgii naczyniowej z transplantacyjną w Oddziale Klinicznym powstał unikalny zespół specjalistów, zajmujących się pacjentami z najtrudniejszymi schorzeniami. Oddział Kliniczny jest jedynym ośrodkiem w Polsce, w którym wykonuje się zarówno przeszczepienia nerek u chorych z zaawansowanymi zmianami miażdżycowymi, jak i wewnątrznaczyniowe leczenie tętniaków oraz zwężeń wszystkich tętnic po transplantacji narządów.

W Oddziale Klinicznym wykonywane są ponadto operacje guzów nerki z wnikaniem materiału nowotworowego do żyły głównej dolnej i prawego przedsionka serca, operacje rekonstrukcyjne aorty i tętnic trzewnych w rzadkich patologiach aorty oraz unikatowe w skali kraju rekonstrukcje naczyniowe w zakresie tętnic i żył biodrowych oraz żyły głównej dolnej po rozległych resekcjach guzów przestrzeni zaotrzewnowej.