PROFIL BADAŃ WYKONYWANYCH PRZEZ LABORATORIUM MIKROBIOLOGII  UCML

• badania próbek materiałów klinicznych w kierunku bakterii tlenowych, beztlenowych i grzybów wykonywane są metodą klasyczną z zastosowaniem posiewu na odpowiednio zróżnicowane podłoża, hodowli w odpowiednich warunkach, oceny mikroskopowej oraz identyfikacji, m. in. metodą spektrometrii mas typu MALDI TOF; badania  lekowrażliwości wykonywane są zgodnie z zaleceniami Krajowego Ośrodka ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów;
• badanie swoistej odpowiedzi immunologicznej w procesie zakażeń lub/i wykrywanie antygenów bakterii i wirusów w materiale klinicznym metodą immunochromatograficzną; immunoenzymatyczną i chemiluminescencji
• wykrywanie DNA lub/i RNA bakterii, wirusów, pasożytów, oraz grzybów drożdżopodobnych metodami biologii molekularnej w materiale klinicznym;
• badania epidemiologii zakażeń szpitalnych;
• kontrola czystości mikrobiologicznej środowiska szpitalnego
• kontrola mikrobiologiczna produktów leczniczych i preparatów biologicznych sporządzonych w warunkach aptecznych

DIAGNOSTYKA MIKROBIOLOGICZNA W OBRĘBIE UKŁADÓW

• diagnostyka zakażeń układu oddechowego

– badanie bakteriologiczne materiału z górnych i dolnych dróg oddechowych;
– szybkie testy immunochromatograficzne: grypy (FLUAV/(FLUBV), RSV, SARS-CoV-2;
Streptococcus pyogens,  Streptococcus pneumoniae, Legionella pneumophila

– diagnostyka serologiczna

• • Mycoplasma pneumoniae (IgM, IgG),
  • Chlamydophila pneumoniae (IgM, IgG),
  • Bordetella pertussis (IgM, IgG, IgA),
  • Legionella pneumophila (IgM, IgG)

• • Adenowirus (IgG,),

 – diagnostyka molekularna:

•  wirus , SARS-CoV-2 PCR, Enterowirusa PCR, Pneumocystis jirovecii PCR;
• panel oddechowy  (diagnostyka górnych dróg oddechowych) Six Respiratory Pathogens (6 drobnoustrojów – WIRUSY: Wirus grypy A, Wirus grypy B, Adenowirus, Syncytialny wirus oddechowy RSV Rinowirus; BAKTERIE: Mycoplasma pneumoniae)
• panel oddechowy (diagnostyka górnych dróg oddechowych) QIAstat-DX Respiratory SARS-CoV-2 Panel (23 drobnoustroje – WIRUSY: SARS-CoV-2, Wirus grypy A, Wirus grypy A podtypy: H1N1/2009, H1, H3, Wirusa grypy B, Koronawirus 229E, HKU1, NL63 i OC43, Wirus paragrypy: typu 1,2, 3, 4 ,Adenowirus,  Syncytialny wirus oddechowy RSV typu A/B, Ludzki metapneumowirus typu A/B, Bokawirus,  Rinowirus/Enterowirus; BAKTERIE: Bordetella pertussis, Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila);
• panel oddechowy (diagnostyka dolnych dróg oddechowych)  BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia Panel plus(27 drobnoustrojów – WIRUSY: Koronawirusy 229E, NL63, OC43, HKU1 (bez różnicowania), Koronawirus MERS-CoV, Koronawirus MERS-CoV, Wirus grypy A, wirus grypy B,   Metapneumowirus, Rinowirus/enterowirus, Adenowirusy (HAdV), Wirusy paragrypy 1-4, Syncytialny wirus oddechowy (RSV): BAKTERIE: Acinetobacter baumanii/calcoaceticus (A. calcoaceticus, A. pittii, A.seifertii i A. nosocomialis), Enterobacter cloacae (Enterobacter asburiae, Enterobacter hormaechei (oraz podgatunki), Enterobacter kobei, Enterobacter ludwigii, Enterobacter mori i Enterobacter roggenkampii), Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Grupa Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae, K. quasipneumoniae i K. variicola), Moraxella catarrhalis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae

• diagnostyka zakażeń inwazyjnych i zakażeń układu nerwowego

– badanie bakteriologiczne krwi i płynu mózgowo-rdzeniowego (PMR)

• • diagnostyka zakażeń związanych z zastosowaniem cewników naczyniowych,
  • diagnostyka płynu z CADO,

–   diagnostyka serologiczna 

 Borrelia burgdorferi (IgM, IgG ELISA, Western Blot), 

Toxoplasma gondii (IgM, IgG),

Wirus Kleszczowego Zapalenia Mózgu (IgM, IgG)

–   diagnostyka molekularna 

• Adenowirus PCR, wirus Epsteina-Barr (EBV), Cytomegalovirus (CMV), Herpes simplex virus 1 , -2 (HSV-1, HSV-2), Varicella zoster virus (VZV), Human herpesvirus 6 (HHV-6), ,
• panel neurologiczny QIAstat-Dx Meningitis/Encephalitis (ME) Panel (16 drobnoustrojów –  BAKTERIE: Escherichia coli K1, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis (otoczkowe), Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Streptococcus pyogenes; WIRUSY: Enterowirus, Herpes simplex virus 1 , -2 (HSV-1, HSV-2),  Human herpesvirus 6 (HHV-6), Human parechowirus (HpeV), Varicella zoster virus (VZV), Cytomegalovirus (CMV) i DROŻDŻE: Cryptococcus (C. neoformans/C. gattii),

• diagnostyka zakażeń przewodu pokarmowego

– badanie bakteriologiczne (posiew) w kierunku Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter, Plesiomonas, Aeromonas, Clostridioides difficile;
– badanie bakteriologiczne w kierunku Helicobacter pylorii,

– diagnostyka serologiczna –  Yersinia enetrocolitica (IgM, IgG, IgA),
–  diagnostyka w kierunku Clostridioides difficile  metodą immunoenzymatyczną,
– szybkie testy immunochromatograficzne w kierunku Rotawirus, Adenowirus i Norowirus,

– diagnostyka molekularna – , EHEC PCR,EPEC PCR;  C. difficile,

• panel biegunkowy QIAstat-Dx Gastrointestinal Panel 2 ( 22 drobnoustroje –  WIRUSY: Adenowirus F40/F41, Astrowirus, Norowirus (GI/GII)  Rotawirus A, Sapowirus (GI, GII, GIV, GV); BAKTERIE: Campylobacter (C. jejuni,/C. coli i C. upsaliensis), Clostridioides difficile (wytwarzające toksynę A/B), Enteroagregacyjne E. coli (EAEC), Shigella/enteroinwazyjne E. coli (EIEC), Enteropatogenne E. coli (EPEC), Enterotoksynogenne E. coli (ETEC), Plesiomonas shigelloides, Salmonella spp., E. coli wytwarzających toksynę Shiga-podobną (STEC: stx1/stx2)* (w tym identyfikacja konkretnej serogrupy E. coli O157 spośród szczepów STEC), Vibrio vulnificus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae, Yersinia enterocolitica; PASOŻYTY: Cryptosporidium,  Cyclospora cayetanensis, Entamoeba histolytica, Giardia lamblia),

• diagnostyka zakażeń układu moczowo-płciowego

– badanie bakteriologiczne moczu, materiału z dróg rodnych,
– ocena preparatu bezpośredniego  wymazu z pochwy (dzieci),

– diagnostyka molekularna – Neisseria gonorrhoeae i Chlamydophila trachomatis PCR, CMV PCR, Cytomegalovirus (CMV) PCR, Adenowirus DNA PCR, Poliomawirus BK PCR,

• badania mykologiczne

– posiew materiałów klinicznych w kierunku grzybów drożdżoidalnych i pleśniowych, z uwzględnieniem preparatu bezpośredniego, identyfikacji grzybów chorobotwórczych, oznaczenia wrażliwości na leki przeciwgrzybicze,

– diagnostyka serologiczna grzybic z materiałów klinicznych :wykrywanie mannanu i galaktomannanu Candida/Cryptococcus/Aspergillus spp.  w surowicy, BAL-F,

• badania w kierunku bakterii beztlenowych

  –posiew z różnych materiałów klinicznych, ze szczególnym uwzględnieniem materiałów takich jak treść ropna, treść z przetoki, punktaty, wymazy z przetoki, rany  fragmenty tkanek i płynów z jam ciała,

 – diagnostyka w kierunku zgorzeli gazowej (Clostridium perfringens), promienicy (Actinomyces spp),

• badania wirusologiczne

– diagnostyka serologiczna w kierunku Adenowirusa (IgG),

– diagnostyka molekularna obejmuje wykrywanie materiału genetycznego DNA lub RNA wirusów z zastosowaniem RT-qPCR w różnych materiałach klinicznych:

• • oznaczenia ilościowe: CMV PCR, EBV PCR, BKV PCR, HBV PCR, HCV PCR
  •  oznaczenia jakościowe: Adenowirus PCR, HHV-6 PCR, VZV PCR, HSV-1,2 PCR, Parwowirus B19 PCR, Enterowirus PCR,

•  diagnostyka zakażeń SARS-CoV-2 metodą real-time PCR w wymazach z nosa, nosogardła,
• diagnostyka wirusologiczna zakażeń skóry: HSV-1,2 PCR, VZV PCR, Enterowirus PCR
• diagnostyka wirusologiczna materiału tkankowego: CMV PCR

• badania epidemiologiczne

– badania przesiewowe w kierunku kolonizacji i nosicielstwa patogenami alarmowymi:  MRSA, VRE, CPE, ESBL (badanie bakteriologiczne, metoda immunochromatograficzna, PCR),
– badanie środowiska szpitalnego na obecność szczepów wielolekoopornych i patogenów alarmowych, kontrola czystości mikrobiologicznej powietrza, powierzchni, produktów wytwarzanych w warunkach sterylnych oraz procesu sterylizacji,

• diagnostyka molekularna i genomowa drobnoustrojów
• – sekwencjonowanie szczepów bakteryjnych (WGS) – kompleksowa analiza genomowa izolatów bakteryjnych z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania trzeciej generacji (ONT), obejmująca identyfikację gatunkową, typowanie molekularne, wykrywanie genów oporności na antybiotyki (AMR), czynników wirulencji oraz analizę pokrewieństwa szczepów (analizy epidemiologiczne, outbreak investigation);
• – sekwencjonowanie metagenomowe – bezpośrednia analiza materiału klinicznego metodą metagenomiki shotgun w celu wykrywania i identyfikacji drobnoustrojów (bakterii, wirusów, grzybów) bez konieczności hodowli; badanie umożliwia jednoczesną charakterystykę mikrobiomu oraz identyfikację genów oporności;
• – sekwencjonowanie grzybów z rodzaju Candida w kierunku oporności na echinokandyny – ukierunkowana analiza regionów genów (m.in. FKS1/FKS2) odpowiedzialnych za oporność na echinokandyny, z interpretacją mutacji jako wcześniej opisywanych (previously reported) lub nowych (novel variants) o potencjalnym znaczeniu klinicznym;
• – typowanie szczepów metodą FT IR (spektroskopia w podczerwieni) – szybkie typowanie izolatów bakteryjnych metodą spektroskopii w podczerwieni w celu oceny pokrewieństwa szczepów, wspomagające nadzór epidemiologiczny i wykrywanie ognisk zakażeń szpitalnych;
• – analiza bioinformatyczna danych sekwencyjnych – kompleksowe opracowanie danych  ONT obejmujące kontrolę jakości, składanie genomów, adnotację, wykrywanie determinantów oporności i wirulencji oraz przygotowanie raportów interpretacyjnych.

BADANIA SPECJALISTYCZNE

• wykrywanie genów werotoksyny-1 i werotoksyny-2 (stx1, stx2) w próbkach kału,
• ocena mikrobiologiczna materiału z dróg rodnych dziewczynek (ocena mikroskopowa w preparacie bezpośrednim i posiew),
• badania w kierunku Helicobacter pylori w bioptatach żołądka,

WYPOSAŻENIE DZIAŁU MIKROBIOLOGII

• spektrometr masowy do identyfikacji bakterii i grzybów: MALDI Biotyper® Sirius IVD System (Bruker),
• Automatyczne Systemy do Posiewów Próbek Mikrobiologicznych WASP® oraz Autoplak Advance.
• GeneXpert System (Cepheid), automatyczny system do identyfikacji i określania lekowrażliwości drobnoustrojów (VITEK 2, bioMérieux), System Film Array bioMérieux), system BIOFIRE FILMARRAY® (BioMérieux), system QIAstat-DX (Qiagen), system iPonatic III (Sansure Biotech)
• automatyczne analizatory do posiewów krwi BACTEC FX (BD), system BD EpiCenter™,
• komora do hodowli bakterii beztlenowych, Whitley A25 (Don Whitley Scientific),
• automatyczne analizatory ELISA: Thunder Bolt (Eurofins) i EVOLIS (BIO-RAD),
• aparaty do automatycznej izolacji DNA/RNA: – croBEE NA16 Nucleic Acid Extraction System Plus (GeneProof), TANBead Maelstrom 4810 Nucleic Acid Extraction System,
•  System wykonujący izolację kwasów nukleinowych i PCR w czasie rzeczywistym (real-time PCR) przeznaczony do diagnostyki medycznej in vitro COBAS® 5800
• termocyklery: CFX Opus 96 Dx (BIO-RAD), aparat do posiewu płytek metodą spiralną WASP, aparat do oznaczania lekkowrażliwości ARIS, aparat do identyfikacji drobnoustrojów IR Biotyper
• sterylizatory parowe.

ORGANIZACJA WYKONYWANIA BADAŃ LABORATORIUM MIKROBIOLOGII UCML

Prowadzenie badań w zakresie diagnostyki mikrobiologicznej realizowane jest dla potrzeb Centralnego Szpitala Klinicznego (CSK), Dziecięcego Szpitala Klinicznego (DSK) i Szpitala Klinicznego Dzieciątka Jezus (SKDJ) oraz Poradni działających w ramach tych jednostek przez wysoko wykwalifikowaną kadrę specjalistów (Link do Składu Zespołu).

Wykonywane badania prowadzone są z zastosowaniem zróżnicowanych metod klasycznej diagnostyki mikrobiologicznej, immunologicznej chorób zakaźnych jak i technik biologii molekularnej w pracowniach wyposażonych w nowoczesną aparaturę badawczą.

W Laboratorium Mikrobiologii UCML systematycznie przeprowadzana jest „wewnętrzna” kontrola jakości wyników badań. Laboratorium uczestniczy w zewnętrznych (krajowych i międzynarodowych) sprawdzianach jakości.