Wykonywane badania w Pracowni Genetyki Molekularnej i Cytogenetyki
Badania molekularne:
- Wykrywanie genu fuzyjnego BCR-ABL1 (transkrypt e13a2, e14a2 oraz e1a2)
Cel badania: Diagnostyka przewlekłej białaczki szpikowej oraz ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie mutacji w obrębie genu ABL1
Cel badania: Diagnostyka oporności przewlekłej białaczki szpikowej na leczenie inhibitorami kinaz tyrozynowych.
Zastosowana metodologia: reakcje PCR, sekwencjonowanie Sangera
- Wykrywanie mutacji w genie JAK2 (V617F)
Cel badania: Diagnostyka nowotworów mieloproliferacyjnych
Zastosowana metodologia: reakcja ARMS-PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie mutacji w genie CALR (typu I oraz typu II)
Cel badania: Diagnostyka nowotworów mieloproliferacyjnych
Zastosowana metodologia: reakcja ARMS-PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie mutacji w genie MPL (W515L/K)
Cel badania: Diagnostyka nowotworów mieloproliferacyjnych
Zastosowana metodologia: reakcja ARMS-PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie mutacji o typie wewnętrznej tandemowej duplikacji w genie FLT3 (FLT3-ITD)
Cel badania: Diagnostyka ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów w elektroforezie kapilarnej.
- Oznaczanie stosunku allelu zmutowanego FLT3-ITD do allelu niezmutowanego (allelic ratio FLT3-ITD:wt)
Cel badania: Diagnostyka ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów w elektroforezie kapilarnej.
- Wykrywanie genu fuzyjnego RUNX1-RUNX1T1
Cel badania: Diagnostyka ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie genu fuzyjnego CBFB-MYH11
Cel badania: Diagnostyka ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie genu fuzyjnego PML-RARA (transkrypt bcr1, bcr2, bcr3)
Cel badania: Diagnostyka ostrych białaczek
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Wykrywanie mutacji w genie MYD88 (L252P)
Cel badania: Diagnostyka makroglobulinemii Waldenströma
Zastosowana metodologia: reakcja PCR z wizualizacją produktów na żelu agarozowym
- Ilościowa reakcja wykrywania genów fuzyjnych: BCR-ABL1 (e13a2, e14a2, e1a2), CBFB-MYH11, PML-RARA (bcr1, bcr2), RUNX1-RUNX1T1
Cel badania: Ocena skuteczności zastosowanego leczenia
Zastosowana metodologia: reakcja RT-qPCR
- Proste badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów jelita grubego
Badane geny: KRAS
Zastosowana metodologia: reakcja qPCR
- Złożone badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów jelita grubego
Badane geny: KRAS, NRAS, BRAF
Zastosowana metodologia: reakcja qPCR
- Złożone badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów jelita grubego
Badane geny: KRAS, NRAS, BRAF
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów
- Złożone badanie genetyczne w diagnostyce niedrobnokomórkowego raka płuca
Zastosowana metodologia: reakcja qPCR
- Zaawansowane badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów mózgu
- Badanie podstawowe
Badane geny: ATRX, EGFR, IDH1/2, pTERT, TP53, zmiana liczby kopii (kodelecja 1p/19q)
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów - Badanie rozszerzone
Badane geny: ATRX, AKT1, APC, BCOR, BRAF, BRCA2, CIC, CDKN2A/B, CTNNB1, EGFR, DICER1, FUBP1, GAB1, GNAQ/GNA11, H3F3A, HIST1H3B/C, IDH1/2, KLF4, MYC, NF1, NOTCH1, NRAS, PALB2, PTCH1, PTEN, PTEN, RB1, SMARCB1, SMARCA4, SMARCE1, SUFU, pTERT, TP53, TRAF7, zmiana liczby kopii (kodelecja 1p/19q)
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów
- Badanie podstawowe
- Zaawansowane badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów układu krwiotwórczego
Badane geny: ABL1, ASXL1, BCL2, BCL6, BCOR, BRAF, CALR, CBL, CEBPA, CSF3R, DNMT3A, EZH2, FLT3, HRAS, IDH1, IDH2, IKZF1, JAK2, KIT, KMT2 (MLL family), KRAS, MPL, MYD88, NF1, NOTCH1, NPM1, NRAS, PTPN11, RUNX1, SETBP1, SF3B1, SRSF2, STAG2, TET2, TP53, U2AF1, WT1, ZRSR2
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów
- Zaawansowane badanie genetyczne w diagnostyce nowotworów jajnika
Badane geny: ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, MLH1, MLH3, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD50, RAD51, STK11, TP53, ZRSR2
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów
- Zaawansowane badanie genetyczne w diagnostyce rzadkich chorób nerwowo-mięśniowych
Zastosowana metodologia: sekwencjonowanie metodą NGS ponad 500 wybranych genów przy zastosowaniu unikalnego panelu genów
Badania cytogenetyczne:
W zakresie diagnostyki cytogenetycznej wykonywane są badania kariotypu z zastosowaniem technik barwienia prążkowego metodą GTG, CBG i barwienia organizatorów jąderkotwórczych Ag-NOR; badania techniką fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) oraz diagnostyka szpiczaków plazmocytowych na frakcji wzbogaconej w komórki CD138(+), uzyskiwanej ze szpiku metodą kolumnowej separacji immunomagnetycznej.
Diagnostyka obejmuje:
- nowotwory hematologiczne u dzieci i dorosłych: m.in. białaczki, chłoniaki, szpiczaki, zespoły mielodysplastyczne, nowotwory mieloproliferacyjne
- wrodzone wady rozwojowe u dzieci (diagnostyka postnatalna)
- wybrane guzy lite u dzieci: m.in. neuroblastoma, rhabdomyosarcoma, PNET, guz Ewinga, maziówczak złośliwy
Szczegółowy wykaz sond stosowanych w określonych jednostkach chorobowych
AML de novo
Badanie podstawowe:
| KMT2A | Rearanżacja 11q23 |
| PML/RARA | t(15;17) |
| RARA | Rearanżacja 17q21 |
Badanie rozszerzone:
| RUNX1/RUNX1T1 | t(8;21) |
| CBFB | inv(16) |
| CBFB/MYH11 | inv(16) i t(16;16) |
| KMT2A/MLLT3 | t(9;11) |
| KMT2A/MLLT10 | t(10;11) |
| KMT2A/AFDN | t(6;11) |
| KMT2A/AFF1 | t(4;11) |
| MECOM/GATA2 | t(3;3) lub inv(3) |
| KAT6A/CREBBP | t(8;16) |
| CBFAT3/GLIS1 | nietypowa inv(16) |
| DEK/NUP214 | t(6;9) |
| MECOM | Rearanżacja 3q26 |
| BCR/ABL | t(9;22) |
| NUP98 | Rearanżacja 11p15 |
MDS i AML transformacja z MSD
| EGR1 | -5/del(5q) |
| aberracje chromosomu 7 | |
| c-8 | Trisomia chromosomu 8 |
| Delecja 20q | |
| TP53 | -17/del(17p), i(17q) |
| Delecja 11q | |
| Delecja i monosomia chr. 13 | |
| ETV6 | Delecja/Rearanżacja 12p13 |
ALL
Badanie podstawowe (wg programu AIEOP):
| BCR/ABL | t(9;22) |
| KMT2A | 11q23 |
| ETV6/RUNX1 | t(12;21) |
| TCF3 | Rearanżacja 19p13 |
Badanie rozszerzone:
| ABL1 (białaczki Ph-like) | Rearanżacja 9q34 |
| KMT2A/MLLT3 | t(9;11) |
| KMT2A/MLLT10 | t(10;11) |
| KMT2A/AFDN | t(6;11) |
| KMT2A/AFF1 | t(4;11) |
| KMT2A/MLLT3 | t(9;11) |
| ETV6 | Rearanżacja i delecja 12p13 |
| TCF3/PBX1 | t(1;19) |
| TCF3/PBX1/HLF | t(1;9) i t(17;19) |
| RUNX1 | Amplifikacja i rearanżacja 21q11 |
| CDKN2A | Delecja i monosomia chromosomu 9 |
| Delecje i monosomia chromosomu 6 | |
| TRA/D | Rearanżacja 14q11 |
| TRB | Rearanzacja 7q34 |
| TCL1 | Rearanżacja 14q34 |
| PTEN | Delecje 10q |
| CRLF2 | Rearanżacja Xp/Yp |
| NOTCH1 | 9q34 |
| IKZF1 | 7p12 |
CML
| BCR/ABL | |
| MECOM | |
| Trisomia 8 i 19 |
CLL
| TP53 | -17/del(17p) |
| ATM | -11/del(11q) |
| c-12 | Trisomia chromosomu 12 |
| Delecja/monosomia chr 13 |
Nowotwory z eozynofilią
| FIP1L1/CHIC2/PDGFRA | Rearanżacja i delecje 4q12 |
| PDGFRB | Rearanżacja 5q32 |
| FGFR1 | Rearanżacja 8p11 |
| JAK2 | Rearanżacja 9p24 |
| ETV6 | Rearanżacja 12p13 |
| FLT3 | Rearanżacja 13q12 |
CMML
- Delecja chromosomu 7
Szpiczak
Badanie podstawowe:
| IGH | Rearanżacja |
| TP53 | Delecja/monosomia chromosomu 17 |
Badanie rozszerzone w przypadku rearanżacji genu IGH:
| IGH/MYEOV | t(11;14) |
| IGH/FGFR3 | t(4;14) |
| IGH/MAF | t(14;16) |
| IGH/MAFB | t(14;20) |
| IGH/MYC | t(8;14) |
| IRF4 | 6p25 |
Badanie rozszerzone w przypadku braku rearanżacji genu IGH:
| CDKN2C/CKS1B | Delecje/amplifikacje chr 1 1p32/1q21 |
| Delecje/monosomie chr. 13 | |
| hiperdiploidia |
Chłoniaki
| MYC | Rearanżacja 8q24 |
| BCL2 | Rearanżacja 18q21 |
| BCL6 | Rearanżacja 3q27 |
| MALT1 | Rearanżacja 18q21 |
| IGH | Rearanżacja 14q32 |
| IGK | Rearanżacja 2p11 |
| IGL | Rearanżacja 22q11 |
| CCND1 | Rearanżacja 11q13 |
| IGH/MYC | t(8;14) |
| IGH/BCL2 | t(14;18) |
| IGH/CCND1 XT | t(11;14) |
| IGH/CCND3 | t(6;14) |
| IRF4 | Rearanżacja 6p25 |
| Sondy dla B-NHL z rearanżacją 11q (BLL) | |
| TLX3 | Rearanżacja 5q35 |
| PAX5 | Rearanżacja 9p13 |
| ALK | Rearanżacja 2p23 |
Guzy lite u dzieci – badanie tylko na świeżym materiale
| FOXO1 | Rearanżacja 13q14 |
| SS18 | Rearanżacja 18q11 |
| EWSR1 | Rearanżacja 22q12 |
| MYCN | Amplifikacja 2p24 |
| SCA i NCA w neuroblastoma | |
| TOP2A | Zmiany liczbowe 17q21 |
| TP53 | -17/del(17p) |
| DDIT3 | Rearanżacja 12q13 |
| MDM2 | Amplifikacja 12q15 |
Zaburzenia różnicowania płci i wady rozwojowe
- CEP X/Y
- CEP X/SRY
- PWS/AS
Dodatkowe sondy:
| 19p/19q | Delecje/powielenia |