PROFIL BADAŃ WYKONYWANYCH PRZEZ LABORATORIUM MIKROBIOLOGII  UCML

• badania próbek materiałów klinicznych w kierunku bakterii tlenowych, beztlenowych i grzybów wykonywane są metodą klasyczną z zastosowaniem posiewu na odpowiednio zróżnicowane podłoża, hodowli w odpowiednich warunkach, oceny mikroskopowej oraz identyfikacji, m. in. metodą spektrometrii mas typu MALDI TOF; badania  lekowrażliwości wykonywane są zgodnie z zaleceniami Krajowego Ośrodka ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów;
• badanie swoistej odpowiedzi immunologicznej w procesie zakażeń lub/i wykrywanie antygenów bakterii i wirusów w materiale klinicznym metodą immunochromatograficzną;
• wykrywanie DNA lub/i RNA bakterii i wirusów metodami biologii molekularnej w materiale klinicznym;
• badania epidemiologii zakażeń szpitalnych;
• badanie czystości mikrobiologicznej powierzchni, powietrza, aparatury medycznej;
• kontrola mikrobiologiczna produktów/preparatów biologicznych po preparatyce.

DIAGNOSTYKA MIKROBIOLOGICZNA W OBRĘBIE UKŁADÓW  (Link do Wykazu Badań)

• diagnostyka zakażeń układu oddechowego

– badanie bakteriologiczne materiału z górnych i dolnych dróg oddechowych;
– szybkie testy do diagnostyki: grypy (FLUAV/(FLUBV), RSV, SARS-CoV-2;

– diagnostyka serologiczna zakażeń bakteryjnych

• • Borrelia burgdorferi (IgM, IgG),
  • Mycoplasma pneumoniae (IgM, IgG),
  • Chlamydophila pneumoniae (IgM, IgG),
  • Bordetella pertussis (IgM, IgG, IgA),

– diagnostyka serologiczna zakażeń wirusowych

• • SARS-CoV-2 (IgA+IgM, IgG),
  • Adenowirus (IgM, IgG, IgA),
  • Yersinia enterocolitica (IgM, IgG, IgA),

 – diagnostyka molekularna w kierunku wirusa grypy typu A,B/RSV PCR, SARS-CoV-2 PCR, metapneumowirus PCR; panel oddechowy BIOFIRE Respiratory 2.1 plus Panel (21 drobnoustrojów, WIRUSY: Adenovirus, Coronavirus 229E, Coronavirus HKU1, Coronavirus NL63, Coronavirus OC43, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), Human Metapneumovirus, Human Rhinovirus/Enterovirus, Influenza A virus, Influenza A virus A/H1, Influenza A virus A/H3, Influenza A virus A/H1-2009, Influenza B virus, Parainfluenza virus 1, Parainfluenza virus 2, Parainfluenza virus 3, Parainfluenza virus 4,  Respiratory syncytial virus (RSV); BAKTERIE: Bordetella parapertussis; Bordetella pertussis, Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae),

• diagnostyka zakażeń inwazyjnych i zakażeń układu nerwowego

– badanie bakteriologiczne krwi i płynu mózgowo-rdzeniowego (PMR);

• • diagnostyka zakażeń związanych z zastosowaniem cewników naczyniowych,
  • diagnostyka płynu z CADO,

–   diagnostyka serologiczna –  Borrelia burgdorferi (ELISA, Western Blot), Toxoplasma gondii (IgM, IgG, IgA, awidność IgG),

–   diagnostyka molekularna – Enterowirus PCR, Adenowirus PCR, wirus Epsteina-Barr, panel neurologiczny BIOFIRE Meningitis/ Encephalitis (ME) Panel (14 drobnoustrojów, w tym: BAKTERIE: Escherichia coli K1, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae; WIRUSY: Cytomegalovirus (CMV), Enterovirus (EV), Herpes simplex virus 1 , -2 (HSV-1, HSV-2),  Human herpesvirus 6 (HHV-6), Human parechovirus (HPeV), Varicella zoster virus (VZV) i DROŻDŻE: Cryptococcus (C. neoformans/C. gattii),

• diagnostyka zakażeń przewodu pokarmowego

– badanie bakteriologiczne (posiew) w kierunku Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter, Plesiomonas, Aeromonas, Clostridioides difficile;
– badanie bakteriologiczne w kierunku Helicobacter pylorii,

– diagnostyka serologiczna –  Yersinia enetrocolitica (IgM, IgG, IgA),
–  diagnostyka w kierunku Clostridioides difficile  z wykorzystaniem rekomendowanych metod, tj. testów immunoenzymatycznych,
– szybkie testy do diagnostyki Rotawirusów, Adenowirusów i Norowirusów,

– diagnostyka molekularna – Norowirus PCR, EHEC PCR, EPEC PCR; panel multipleks PCR, Salmonella/Shigella/Campylobacter/EIEC/EHEC, C. difficile,

• diagnostyka zakażeń układu moczowo-płciowego

– badanie bakteriologiczne moczu, materiału z dróg rodnych,
– ocena preparatu bezpośredniego  wymazu z pochwy (dzieci),

– diagnostyka molekularna – Neisseria gonorrhoeae i Chlamydophila trachomatis PCR, CMV PCR, Poliomawirus BK PCR

• badania mykologiczne

– badania mykologiczne obejmują posiew różnych materiałów klinicznych w kierunku grzybów drożdżoidalnych i pleśniowych na podłoża wybiórcze i namnażające przeznaczone do hodowli grzybów, z uwzględnieniem preparatu bezpośredniego, izolacji i identyfikacji grzybów chorobotwórczych, oznaczenia wrażliwości na leki przeciwgrzybicze,

– diagnostyka serologiczna grzybic z materiałów klinicznych (wykrywanie mannanu i galaktomannanu Candida/Cryptococcus/Aspergillus spp.  w surowicy),

• badania beztlenowców

  – badanie szeroko spektralne w kierunku bakterii beztlenowych obejmuje posiew na odpowiednie podłoża wybiórcze i namnażające przeznaczone do hodowli bakterii beztlenowych różnych materiałów klinicznych, ze szczególnym uwzględnieniem materiałów takich jak treść ropna, treść z przetoki, punktaty, wymazy z przetoki, rany  fragmenty tkanek i płynów z jam ciała,

 – diagnostyka w kierunku zgorzeli gazowej (Clostridium perfringens), promienic (Actinomyces spp),

• badania wirusologiczne

– diagnostyka serologiczna w kierunku Adenowirusa (IgM, IgG, IgA),

– diagnostyka molekularna obejmuje wykrywanie materiału genetycznego DNA lub RNA wirusów z zastosowaniem PCR lub RT-qPCR w różnych materiałach klinicznych:

• • ilościowe: CMV PCR, EBV PCR, BKV PCR,
  •  jakościowe: Adenowirus PCR, HHV-6 PCR, VZV PCR, HSV-1,2 PCR, Parwowirus B-19,
  •  PCR,  Metapneumowirus wykonywane techniką real-time PCR,
  • Bordetella pertussis (IgM, IgG, IgA),

• badania epidemiologiczne

– badania przesiewowe w kierunku kolonizacji i nosicielstwa patogenami alarmowymi:  MRSA, VRE, CPE, ESBL (badanie bakteriologiczne, metoda immunochromatograficzny, PCR),
– badanie środowiska szpitalnego na obecność szczepów wielolekoopornych i patogenów alarmowych, kontrola czystości mikrobiologicznej powietrza, powierzchni, produktów wytwarzanych w warunkach sterylnych oraz procesu sterylizacji,

BADANIA SPECJALISTYCZNE

• wykrywanie genów werotoksyny-1 i werotoksyny-2 (stx1, stx2) w próbkach kału,
• ocena mikrobiologiczna materiału z dróg rodnych dziewczynek (ocena mikroskopowa w preparacie bezpośrednim i posiew),
• badania w kierunku Helicobacter pylori w bioptatach żołądka,
• diagnostyka zakażeń SARS-CoV-2 metodą real-time PCR w wymazach z gardła, nosa, nosogardła, płynu mózgowo-rdzeniowego,
• diagnostyka wirusologiczna zakażeń skóry: HSV-1,2 PCR, VZV PCR,
• diagnostyka wirusologiczna materiału tkankowego: CMV PCR,

WYPOSAŻENIE DZIAŁU MIKROBIOLOGII

• spektrometr masowy do identyfikacji bakterii i grzybów: MALDI Biotyper® Sirius IVD System (Bruker),
• systemy do automatycznej diagnostyki molekularnej: BDMAX System (BD); GeneXpert System (Cepheid), automatyczny system do identyfikacji i określania lekowrażliwości drobnoustrojów (VITEK 2, bioMérieux), System Film Array bioMérieux),
• automatyczny aparat do barwienia metodą Grama: PREVI® Color Gram (bioMérieux),
• automatyczne analizatory do posiewów krwi BACTEC FX (BD), system BD EpiCenter™,
• komora do hodowli bakterii beztlenowych, Whitley A25 (Don Whitley Scientific),
• automatyczne analizatory ELISA: Thunder Bolt (Eurofins) i EVOLIS (BIO-RAD),
• aparat do automatycznej izolacji DNA/RNA – Maelstrom 4800 (TANBead), NucliSENS easy MAG (bio Merieux),
• termocyklery: CFX96 (BIO-RAD) i LightCycler^® 480 (amplifikacja kwasów nukleinowych metodą Real-Time PCR),
• sterylizatory parowe.