PROFIL BADAŃ WYKONYWANYCH PRZEZ LABORATORIUM MIKROBIOLOGII UCML
- badania próbek materiałów klinicznych w kierunku bakterii tlenowych, beztlenowych i grzybów wykonywane są metodą klasyczną z zastosowaniem posiewu na odpowiednio zróżnicowane podłoża, hodowli w odpowiednich warunkach, oceny mikroskopowej oraz identyfikacji, m. in. metodą spektrometrii mas typu MALDI TOF; badania lekowrażliwości wykonywane są zgodnie z zaleceniami Krajowego Ośrodka ds. Lekowrażliwości Drobnoustrojów;
- badanie swoistej odpowiedzi immunologicznej w procesie zakażeń lub/i wykrywanie antygenów bakterii i wirusów w materiale klinicznym metodą immunochromatograficzną;
- wykrywanie DNA lub/i RNA bakterii i wirusów metodami biologii molekularnej w materiale klinicznym;
- badania epidemiologii zakażeń szpitalnych;
- badanie czystości mikrobiologicznej powierzchni, powietrza, aparatury medycznej;
- kontrola mikrobiologiczna produktów/preparatów biologicznych po preparatyce.
DIAGNOSTYKA MIKROBIOLOGICZNA W OBRĘBIE UKŁADÓW (Link do Wykazu Badań)
- diagnostyka zakażeń układu oddechowego
– badanie bakteriologiczne materiału z górnych i dolnych dróg oddechowych;
– szybkie testy do diagnostyki: grypy (FLUAV/(FLUBV), RSV, SARS-CoV-2;
– diagnostyka serologiczna zakażeń bakteryjnych
-
- Borrelia burgdorferi (IgM, IgG),
- Mycoplasma pneumoniae (IgM, IgG),
- Chlamydophila pneumoniae (IgM, IgG),
- Bordetella pertussis (IgM, IgG, IgA),
– diagnostyka serologiczna zakażeń wirusowych
-
- SARS-CoV-2 (IgA+IgM, IgG),
- Adenowirus (IgM, IgG, IgA),
- Yersinia enterocolitica (IgM, IgG, IgA),
– diagnostyka molekularna w kierunku wirusa grypy typu A,B/RSV PCR, SARS-CoV-2 PCR, metapneumowirus PCR; panel oddechowy BIOFIRE Respiratory 2.1 plus Panel (21 drobnoustrojów, WIRUSY: Adenovirus, Coronavirus 229E, Coronavirus HKU1, Coronavirus NL63, Coronavirus OC43, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), Human Metapneumovirus, Human Rhinovirus/Enterovirus, Influenza A virus, Influenza A virus A/H1, Influenza A virus A/H3, Influenza A virus A/H1-2009, Influenza B virus, Parainfluenza virus 1, Parainfluenza virus 2, Parainfluenza virus 3, Parainfluenza virus 4, Respiratory syncytial virus (RSV); BAKTERIE: Bordetella parapertussis; Bordetella pertussis, Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae),
- diagnostyka zakażeń inwazyjnych i zakażeń układu nerwowego
– badanie bakteriologiczne krwi i płynu mózgowo-rdzeniowego (PMR);
-
- diagnostyka zakażeń związanych z zastosowaniem cewników naczyniowych,
- diagnostyka płynu z CADO,
– diagnostyka serologiczna – Borrelia burgdorferi (ELISA, Western Blot), Toxoplasma gondii (IgM, IgG, IgA, awidność IgG),
– diagnostyka molekularna – Enterowirus PCR, Adenowirus PCR, wirus Epsteina-Barr, panel neurologiczny BIOFIRE Meningitis/ Encephalitis (ME) Panel (14 drobnoustrojów, w tym: BAKTERIE: Escherichia coli K1, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae; WIRUSY: Cytomegalovirus (CMV), Enterovirus (EV), Herpes simplex virus 1 , -2 (HSV-1, HSV-2), Human herpesvirus 6 (HHV-6), Human parechovirus (HPeV), Varicella zoster virus (VZV) i DROŻDŻE: Cryptococcus (C. neoformans/C. gattii),
- diagnostyka zakażeń przewodu pokarmowego
– badanie bakteriologiczne (posiew) w kierunku Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter, Plesiomonas, Aeromonas, Clostridioides difficile;
– badanie bakteriologiczne w kierunku Helicobacter pylorii,
– diagnostyka serologiczna – Yersinia enetrocolitica (IgM, IgG, IgA),
– diagnostyka w kierunku Clostridioides difficile z wykorzystaniem rekomendowanych metod, tj. testów immunoenzymatycznych,
– szybkie testy do diagnostyki Rotawirusów, Adenowirusów i Norowirusów,
– diagnostyka molekularna – Norowirus PCR, EHEC PCR, EPEC PCR; panel multipleks PCR, Salmonella/Shigella/Campylobacter/EIEC/EHEC, C. difficile,
- diagnostyka zakażeń układu moczowo-płciowego
– badanie bakteriologiczne moczu, materiału z dróg rodnych,
– ocena preparatu bezpośredniego wymazu z pochwy (dzieci),
– diagnostyka molekularna – Neisseria gonorrhoeae i Chlamydophila trachomatis PCR, CMV PCR, Poliomawirus BK PCR
– badania mykologiczne obejmują posiew różnych materiałów klinicznych w kierunku grzybów drożdżoidalnych i pleśniowych na podłoża wybiórcze i namnażające przeznaczone do hodowli grzybów, z uwzględnieniem preparatu bezpośredniego, izolacji i identyfikacji grzybów chorobotwórczych, oznaczenia wrażliwości na leki przeciwgrzybicze,
– diagnostyka serologiczna grzybic z materiałów klinicznych (wykrywanie mannanu i galaktomannanu Candida/Cryptococcus/Aspergillus spp. w surowicy),
– badanie szeroko spektralne w kierunku bakterii beztlenowych obejmuje posiew na odpowiednie podłoża wybiórcze i namnażające przeznaczone do hodowli bakterii beztlenowych różnych materiałów klinicznych, ze szczególnym uwzględnieniem materiałów takich jak treść ropna, treść z przetoki, punktaty, wymazy z przetoki, rany fragmenty tkanek i płynów z jam ciała,
– diagnostyka w kierunku zgorzeli gazowej (Clostridium perfringens), promienic (Actinomyces spp),
– diagnostyka serologiczna w kierunku Adenowirusa (IgM, IgG, IgA),
– diagnostyka molekularna obejmuje wykrywanie materiału genetycznego DNA lub RNA wirusów z zastosowaniem PCR lub RT-qPCR w różnych materiałach klinicznych:
-
- ilościowe: CMV PCR, EBV PCR, BKV PCR,
- jakościowe: Adenowirus PCR, HHV-6 PCR, VZV PCR, HSV-1,2 PCR, Parwowirus B-19,
- PCR, Metapneumowirus wykonywane techniką real-time PCR,
- Bordetella pertussis (IgM, IgG, IgA),
– badania przesiewowe w kierunku kolonizacji i nosicielstwa patogenami alarmowymi: MRSA, VRE, CPE, ESBL (badanie bakteriologiczne, metoda immunochromatograficzny, PCR),
– badanie środowiska szpitalnego na obecność szczepów wielolekoopornych i patogenów alarmowych, kontrola czystości mikrobiologicznej powietrza, powierzchni, produktów wytwarzanych w warunkach sterylnych oraz procesu sterylizacji,
BADANIA SPECJALISTYCZNE
- wykrywanie genów werotoksyny-1 i werotoksyny-2 (stx1, stx2) w próbkach kału,
- ocena mikrobiologiczna materiału z dróg rodnych dziewczynek (ocena mikroskopowa w preparacie bezpośrednim i posiew),
- badania w kierunku Helicobacter pylori w bioptatach żołądka,
- diagnostyka zakażeń SARS-CoV-2 metodą real-time PCR w wymazach z gardła, nosa, nosogardła, płynu mózgowo-rdzeniowego,
- diagnostyka wirusologiczna zakażeń skóry: HSV-1,2 PCR, VZV PCR,
- diagnostyka wirusologiczna materiału tkankowego: CMV PCR,
WYPOSAŻENIE DZIAŁU MIKROBIOLOGII
- spektrometr masowy do identyfikacji bakterii i grzybów: MALDI Biotyper® Sirius IVD System (Bruker),
- systemy do automatycznej diagnostyki molekularnej: BDMAX System (BD); GeneXpert System (Cepheid), automatyczny system do identyfikacji i określania lekowrażliwości drobnoustrojów (VITEK 2, bioMérieux), System Film Array bioMérieux),
- automatyczny aparat do barwienia metodą Grama: PREVI® Color Gram (bioMérieux),
- automatyczne analizatory do posiewów krwi BACTEC FX (BD), system BD EpiCenter™,
- komora do hodowli bakterii beztlenowych, Whitley A25 (Don Whitley Scientific),
- automatyczne analizatory ELISA: Thunder Bolt (Eurofins) i EVOLIS (BIO-RAD),
- aparat do automatycznej izolacji DNA/RNA – Maelstrom 4800 (TANBead), NucliSENS easy MAG (bio Merieux),
- termocyklery: CFX96 (BIO-RAD) i LightCycler® 480 (amplifikacja kwasów nukleinowych metodą Real-Time PCR),
- sterylizatory parowe.